SQLyog es una potente herramienta para la gestión de base de datos mysql, la interfaz gráfica es de las mas sencillas que he utilizado, el generador de consultas te hace un gran favor a la hora de crear tus consultas ya que cuenta con autocompletar y asi te hace la vida mas facil, puedes copiar tablas de una base de datos a otra o solo la estructura haciendo unos clics, con sqlyog puedes copiar una base de datos completa, también muestra de forma ordenada todos los objetos de la base de datos (como todo buen gestor de  base de datos deberÃa de hacerlo).
Cuenta con herramientas de importación y exportación de datos puedes exportar los datos que generaste en un consulta a formato xml, xls, csv, sql y html, y asu vez importar datos de esos formatos para llenar nuestras tablas de registros.
Yo lo recomiendo pero ustedes pueden obtener sus propias conclusiones, se me hace rapido, sencillo y la interfaz de usuario intuitiva comparandolo con phpmyadmin que tienes que andar viendo las cosas en el browser y a veces es un poco molesto hacer consultas.
Tiene muchas caracteristicas yo solo he usado unas pocas pero se me ha hecho un GUI para mysql muy bueno y sencillo de utilizar.
Lo único malo que tiene es que no es multiplataforma solo funciona en windows pero con WINE lo puedes emular en linux.
Puedes descargarte la version de prueba por aca:
Descargar SQLyog
Hasta ahora no he encontrado una nueva herramienta genial para trabajar con MySQL – Valentina Studio. Es la edición gratuita puede hacer las cosas más de las muchas herramientas comerciales!
¡Muy recomendable comprobarlo. http://www.valentina-db.com/en/valentina-studio-overview